A mitjan de 1938 , quan la província de Tarragona restava parcialment ocupada per l’exèrcit franquista, la Diputació de Tarragona s’instal·là provisionalment a Castelló de la Plana, amb el propòsit de reorganitzar i recuperar tots els serveis que havien estat de la seva competència. El governador civil, com a president honorífic nat fins l’any 1947, imposarà des d’un primer moment el nomenament dels diputats. Tanmateix, no sempre existirà l’harmonia desitjada i, sovint, els governadors civils hauran d’intervenir per destituir aquells diputats disconformes amb alguna decisió relativa a la gestió provincial; com succeirà quan la gestora provincial refusarà unànimement el projecte d’Hospital Provincial presentat pel president Eusebio Mújica Jaca, el qual no dubtarà en absentar-se dels plens al·legant estar malalt. Com recordarà el governador civil Juan Selva Marguelina, en el moment de constituir-se una nova gestora el gener de 1943: “si alguno de los presentes creyese todavía de buena fe que ostenta un cargo político, rechace al punto esta idea y piense en que su misión es puramente administrativa de los sagrados intereses provinciales”. Al llarg de tot el període franquista s’aniran rellevant successivament en el càrrec de President: José Greco Greco ( 1938-1939), Joan Vilanova Muntaña (1939 i 1942), Eusebio Mújica Jaca (1939-1942), Joaquim de Querol Rius (1943-1944), Josep Segú Parés (1944-1948), Alberto Diaz de Brito i Antiaga (1948-1951), Joan Noguera Salort (1951-1952), Enric Guasch Jiménez (1952-1961), Antonio Soler Morey (1962-1965), Lluís Pujades de Frías (1965-1966), Esteve Meseguer Gil (1966-1967), Federico Gerona de la Figuera (1967-1968) i Josep Clúa Queixalós (1968-1976). El càrrec de president, pel que fa al cas concret de Tarragona, generalment s’anirà renovant cada tres o quatre anys, a excepció de la immediata postguerra, quan el ritme de nomenaments serà més intens, produint-se fins i tot la única reelecció de tot el període. En algunes ocasions la successió en el càrrec serà motivada per la defunció de l’antecessor i només es coneix la dimissió voluntària del metge Enric Guasch Jiménez, que es mantindrà com a president durant gairebé una dècada.
Durant els primers anys del franquisme, les greus dificultats econòmiques que patirà l’ens provincial obligarà a destinar bona part dels recursos a les necessitats més urgents en les àrees de Beneficència i Sanitat. Durant la dècada dels quaranta i cinquanta, el principal gruix dels seus ingressos procedirà de donacions particulars i de préstecs concertats amb el Banco de Crédito Local.
